Uma grande aventura para Paper Mario e seus amigos únicos
[História] Mario chega a Thug Town depois de receber uma carta da Princesa Peach pedindo ajuda com uma caça ao tesouro. No entanto, a Princesa Peach não está em lugar nenhum. Procurando pistas sobre a Princesa Peach, Mario visita o Professor Frankly, que está pesquisando tesouros na cidade, e descobre que a "Porta dos 1000 Anos" leva ao tesouro, e que sete "Pedras Estelares" são necessárias para abrir a porta.. Acreditando que poderá encontrar a Princesa Peach se seguir o tesouro, Mario parte para uma aventura no mundo de papel para procurar as Pedras Estelares, junto com Christine, que ele encontra na cidade.. Também parece que não é apenas Mario quem está procurando a Princesa Peach; Bowser também está procurando pela Princesa Peach...
A aventura se passa num mundo de papel cheio de encontros e surpresas. Em cada destino, vários eventos ocorrerão, como um dragão gigante à sua espera, residentes transformando-se repentinamente em porcos e incidentes ocorrendo no trem.. À primeira vista, Mario pode encontrar lugares que parecem impossíveis de navegar, mas ele abrirá seu caminho usando ações únicas do papel, como usar seu corpo fino para se encaixar em espaços estreitos ou se transformar em um avião de papel para voar pelo céu.
[Mario e seus companheiros únicos em sua aventura] Mario encontrará alguns personagens incomuns ao longo do caminho. Esses personagens se tornarão seus companheiros e ajudarão Mario em sua aventura com suas várias habilidades e personalidades, como Christine, que lhe dará informações sobre as pessoas, lugares e inimigos ao seu redor, Nokotaro, que é bom em mergulhar em conchas e investir contra inimigos, e Clouda, que pode criar ventos fortes para soprar qualquer coisa por perto.
[Batalha Teatral Maluca] Quando Mario esbarra em um inimigo no campo, uma batalha de comandos por turnos acontece em um teatro! Mario pode escolher entre uma variedade de ações, incluindo "ataque", "item", "movimento especial", "defesa" e "apelar ao público", dependendo de sua estratégia.. Pressionar o botão no momento certo para atacar aumentará o dano ao inimigo, e o público participará, tornando a batalha ainda mais emocionante.